不同的疫苗對相同病毒的效果也是不一樣的。這主要受到毒株和佐劑兩個重要因素的影響。如果某個疫苗所使用的毒株不僅能夠很好的刺激機體產生免疫應答反應，且產生的抗體能夠有效的保護目前所有的流行病毒，那么這就會帶來更為理想的免疫效果；佐劑是滅活疫苗重要且不可或缺的成分，不僅起到了吸附保護抗原的作用，還促進了抗原在體內持續穩定的釋放，提升抗體的產生也是佐劑的重要作用。

疫苗通常用于健康的動物接種，以用于預防特定傳染病的發生。機體的免疫應答反應和抗體的生產，都需要大量消耗機體的能量和蛋白質等營養物質，如果在接種疫苗時，存在愛寵營養不良、寄生蟲感染、亞健康狀態、攜帶或已感染了同類型的疾病等情況，則很可能會導致免疫失敗的發生。

疫苗內最重要的成分就是其所含有的抗原，在接種疫苗期間如同時使用了免疫抑制劑（如環孢素等）、抗病毒藥物（干擾素等）或大劑量的使用了糖皮質類固醇（如地塞米松等）也可能影響疫苗發揮作用。

疫苗內有效成分的穩定是需要特定條件的，故而對疫苗的儲運要求非常嚴格，超出疫苗特定的保存溫度范圍可能導致疫苗失效，導致免疫失敗、甚至還會出現過敏等反應。

還有無法回避的一點，這就是動物的個體差異了。某些寵物可能因為其基因的表達，存在先天性的免疫缺陷，這類動物的機體是無法識別抗原從而刺激機體產生免疫應答反應的，越純的品系發生的概率越高。